وقع الهجوم قبل ظهر يوم الاثنين بقليل في المركز الإسلامي في سان دييغو في حي كليرمونت عندما وصل كين كلارك، 17 عامًا، وكالب فاسكيز، 18 عامًا، بأسلحة متعددة سرقت من منزل كلارك. قُتل ثلاثة رجال بالغين يعملون في المركز في الهجوم، جميعهم أُطلق عليهم الرصاص خارج المبنى. وكان من بينهم حارس أمن لم تُفصح هويته بعد، ولكن قائد شرطة سان دييغو سكوت واهل نسب إليه منع مجزرة للأطفال والمصلين في الداخل. يكشف الجدول الزمني عن مداهمة مرعبة للعدالة. في الساعة 9:42 صباحًا، اتصلت والدة كلارك بشرطة سان دييغو للإبلاغ عن اختفاء ابنها بأسلحة متعددة وسيارتها، محذرة من أنه كان انتحارياً وربما مع صديق. كانت الشرطة تبحث بنشاط في المنطقة وتجري مقابلات مع الأم عندما بدأت الطلقات الأولى في الساعة 11:43 صباحًا، على بعد بضعة مباني فقط من مكان وقوفهم. وصلت الشرطة إلى مكان الحادث في غضون أربع دقائق، لكن جميع الضحايا الثلاثة كانوا بالفعل ميتين. فر المسلحان إلى سيارتهما وانتحرا قبل أن يتمكن الضباط من التدخل. أكد قائد الشرطة سكوت واهل أن المحققين اكتشفوا ما وصفه بأنه خطابات كراهية في سيارة المشتبه بهما، وأفاد موقع إن بي سي نيوز بأن السلطات تدرس كتابات محتملة ضد الإسلام وُجدت مع الجثث. أعلن عمدة سان دييغو تود جلوريا، وهو ديمقراطي، في مؤتمر صحفي بعد الظهر أن إطلاق النار سيتم التحقيق فيه كجريمة كراهية. وقال جلوريا: "كان هناك بالتأكيد خطاب كراهية متورط". انضمت مكتب التحقيقات الفدرالي (FBI) إلى التحقيق، وهو إجراء معياري للحالات المحتملة للإرهاب المحلي التي تستهدف المؤسسات الدينية. التقطت لقطات جوية حراس أمن مسلحين يقومون بإخلاء أطفال في سن المدرسة من المركز الإسلامي في الساعات التي تلت إطلاق النار. يشغل المركز مدرسة تخدم المجتمع المسلم المحلي، وكان هناك عشرات الأطفال في الموقع أثناء الهجوم. حقيقة أن حارس الأمن اشتبك مع المسلحين خارج المبنى، مما منعهم من الدخول حيث كان الأطفال، دفعت المحققين للاعتقاد أن عدد القتلى كان يمكن أن يكون أعلى بكثير. لم يطلق أي ضابط النار خلال الاستجابة. مكنت وفاة المشتبه بهما برصاص ذاتي في السيارة الخاطفين من أي فرص للاستجواب الذي قد يوضح تخطيطهم المحدد أو أيديولوجيتهم أو ما إذا كانوا قد تصرفوا بمفردهم تمامًا. تعيد قوات إنفاذ القانون الآن بناء تحركات المراهقين واتصالاتهم وطرق تطرهم. لم يتلق المركز الإسلامي أي تهديدات محددة قبل الهجوم، وفقًا للسلطات، مما يثير تساؤلات حول ما إذا كان الهدف تم اختياره بشكل عرضي أو يمثل تخطيطًا طويل الأجل.